基因組測(cè)序加速食道癌篩查

食道癌是全球第八大最常見的癌癥。對(duì)于這種類型的癌癥，現(xiàn)有的監(jiān)測(cè)和治療方法非常麻煩，許多患者必須經(jīng)過(guò)繁重的程序才能確保不會(huì)遺漏任何惡化的風(fēng)險(xiǎn)。

研究人員現(xiàn)在已經(jīng)開發(fā)出一種統(tǒng)計(jì)模型，該模型使用基因組數(shù)據(jù)來(lái)準(zhǔn)確預(yù)測(cè)患有Barrett食道癥狀的患者進(jìn)一步惡化的風(fēng)險(xiǎn)高低。

劍橋大學(xué)，EMBL的歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI）的研究人員和合作者對(duì)常規(guī)收集自Barrett食管患者的活檢組織的基因組進(jìn)行了測(cè)序。監(jiān)測(cè)這些患者的食道癌早期跡象。研究人員使用這些數(shù)據(jù)尋找最終被診斷出患有癌癥的患者與未診斷出癌癥的患者之間的差異。數(shù)據(jù)用于建立測(cè)量每個(gè)患者個(gè)人風(fēng)險(xiǎn)的統(tǒng)計(jì)模型。該研究發(fā)表在《Nature Medicine》雜志上。

最近的其他癌癥研究表明，導(dǎo)致癌癥的基因組突變可能發(fā)生在患者被診斷出疾病之前很多年。能夠識(shí)別這些突變可能為早期診斷和治療提供新途徑。

研究人員使用來(lái)自88位Barrett食管患者的基因組數(shù)據(jù)，確定了在診斷前八年以上被診斷出食道癌的患者中有一半為“高風(fēng)險(xiǎn)”。診斷前兩年，這一數(shù)字上升了70％。同樣重要的是，該模型還可以準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)罹患癌癥的風(fēng)險(xiǎn)極低的患者。

EMBL-EBI小組負(fù)責(zé)人Moritz Gerstung解釋說(shuō)：“這項(xiàng)研究的獨(dú)特之處之一就是劍橋Addenbrooke醫(yī)院的同事提供的數(shù)據(jù)豐富。” “這些患者已經(jīng)接受了超過(guò)15年的監(jiān)視，因此，隨著時(shí)間的推移，我們從食道的不同區(qū)域總共采集了800多個(gè)樣本。這使我們能夠更詳細(xì)地測(cè)量什么類型的基因組變化以及這些軌跡如何變化在沒有癌癥的患者和沒有癌癥的患者之間進(jìn)行。如果沒有如此詳盡的監(jiān)測(cè)計(jì)劃，這項(xiàng)研究將不可能進(jìn)行。

盡管患有Barrett食道的人比一般人群患食道癌的風(fēng)險(xiǎn)要高得多，但每年300名患者中只有1名被診斷出患有癌癥。盡管如此，他們都必須每?jī)赡赀M(jìn)行一次侵入性監(jiān)視程序。這種監(jiān)視對(duì)于患者而言可能是不舒服的，緊張的并且耗時(shí)的，并且給醫(yī)療保健系統(tǒng)帶來(lái)了額外的負(fù)擔(dān)。

“我們方法的好處是雙重的，” EMBL-EBI的客座博士后Sarah Killcoyne解釋說(shuō)。 “患有高危Barrett病且可能會(huì)癌變的患者可以更早接受治療。那些擁有某種遺傳上穩(wěn)定的東西且不太可能發(fā)展為該疾病的人無(wú)需進(jìn)行如此嚴(yán)格的監(jiān)視。希望我們的方法可以幫助改善早期發(fā)現(xiàn)和治療，并減少低風(fēng)險(xiǎn)患者的不必要治療，而不會(huì)損害患者的安全。”

這些結(jié)果意味著處于高風(fēng)險(xiǎn)的患者可以立即得到治療，而不是進(jìn)行重復(fù)的活組織檢查直到發(fā)現(xiàn)癌癥的早期跡象為止。相反，低風(fēng)險(xiǎn)和疾病穩(wěn)定的患者可以較少地進(jìn)行監(jiān)測(cè)。總體而言，作者估計(jì)可以減少50％的Barrett食管患者的監(jiān)測(cè)。

作者說(shuō)，下一步是完善該方法，**是分析更多患者的數(shù)據(jù)。引入臨床信息并提高模型的準(zhǔn)確性也很重要。