科學家發(fā)現(xiàn)細菌污染會造成基因研究出現(xiàn)偏差

發(fā)表在Science Advances上的一項新研究中，來自瑞典林雪平大學的研究團隊表明，一種令人費解的細菌中常見DNA修飾在人類或其他哺乳動物中并不存在。該研究表明，動物中表觀遺傳標記6mdA的檢測可能是所用技術(shù)的局限性和樣品的細菌污染造成的。

幾年前，一些相關(guān)研究的發(fā)表，引起了遺傳學研究者的極大興趣。這些研究檢查了一個特殊的表觀遺傳標記，即影響DNA序列在不同細胞中使用方式的DNA修飾。這個標記以前從未在多細胞生物中觀察到。相比之下，這種被稱為“6mdA”的標記在細菌中較為常見，它在保護細菌免受病毒侵害方面發(fā)揮著重要作用。

許多研究團隊的報告稱，他們在多種動物物種甚至人類細胞中發(fā)現(xiàn)了6mdA，這不僅引起了研究界的極大興趣，也引發(fā)了一些問題。其中一個與檢測到的6mdA水平有關(guān)，這個水平非常低，以至于科學家們懷疑這樣一個罕見的表觀遺傳信號是否真的有作用。

在這些初步報告之后，一些其他已發(fā)表的研究無法在動物中檢測到6mdA。正如許多其他研究團隊一樣，林雪平大學生物醫(yī)學和臨床科學系研究員Colm Nestor博士團隊也開始研究這種令人費解的表觀遺傳信號。然而，他們無法在人體或小鼠細胞中檢測到。最終，他們在兩個人體細胞樣本中檢測到了6mdA，但結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩個樣本都被支原體細菌污染。

研究人員懷疑表觀遺傳標記來自細菌而不是人體細胞。他們用抗支原體的抗生素治療細胞后，發(fā)現(xiàn)6mdA信號消失。

研究人員認為，支原體污染是表觀遺傳學研究中被低估的問題。他們發(fā)現(xiàn)的支原體菌株在健康人群中很常見，通常不會對健康造成任何負面影響。由于支原體細菌不僅可以存在于細胞外，也可以存在于人體細胞內(nèi)，因此該細菌可能存在于人類樣品中，但未被檢測到。對于大多數(shù)類型的細菌，研究人員可以很容易地檢測出實驗室培養(yǎng)的細胞是否受到污染。然而，支原體污染的情況并非如此，它需要特殊的檢測方法。

研究人員很快發(fā)現(xiàn)，不僅支原體細菌給研究6mdA標記的研究人員帶來了問題。他們還發(fā)現(xiàn)了檢測這種表觀遺傳修飾的幾種方法的問題。

研究通訊作者Nestor說：“我們意識到，這些技術(shù)檢測到的6mdA‘信號’只是噪音。然而，由于一些復雜的技術(shù)問題，其中一些方法中的背景噪聲不是隨機的，而是一個真實的信號。現(xiàn)在，我們可以毫無疑問地說，哺乳動物中不存在6mdA。”

Nestor認為，哺乳動物中6mdA的研究報告來自于在權(quán)威學術(shù)期刊上發(fā)表的執(zhí)行良好的研究。這是非常不尋常的，作為完全不同的人工制品，有幾種方法給出了類似的誤導性結(jié)果。

Nestor說“當我們分析非常罕見的現(xiàn)象時，我們必須要非常小心，并考慮我們是否真的可以用我們選擇的方法來測量它們。關(guān)于6mdA，如果研究人員停止研究一些根本不存在的東西，那就可以節(jié)省很多寶貴的時間和金錢，避免更多的失望。”